Contratado para ser o homem gol do Bahia na reta final da temporada de 2008, o atacante Fábio Júnior teve uma passagem inusitada pelo clube. Por conta da demora no processo de inscrição, após transferência do futebol de Israel, o artilheiro não chegou a vestir a camisa do Tricolor de Aço.
Na ocasião, a diretoria do Bahia chegou a entrar com um mandado de garantia no STJD (Superior Tribunal de Justiça Desportiva) para tentar inscrevê-lo mas não obteve sucesso. Apesar de ter feito todos os trâmites dentro do prazo estipulado, a transferência e a aprovação da Federação de Israel só aconteceram um dia depois da data limite para inscrição de atletas na Série B.
Com a negativa do STJD, o Bahia acabou rescindindo o vínculo do centroavante sem que ele tenha entrado em campo com a camisa do clube. Além disso, Fábio Júnior não recebeu nenhuma quantia pelo período em que esteve no Tricolor.
Meses depois, o veterano acertou com o Brasiliense, onde atuou na temporada de 2009. Antes de encerrar sua carreira, Fábio Júnior ainda defendeu as cores de América-MG, Boa Esporte, Guarani-MG e Vila Nova-MG.
Sem o reforço, o Bahia teve uma reta final de temporada decepcionante e terminou apenas na décima colocação da Série B, bem longe do G-4, que garantia uma vaga na elite do futebol brasileiro.
Campanha do Bahia na Série B de 2008
38 jogos
14 triunfos
14 derrotas
10 empates
47 gols pró
65 gols sofridos